Komplikasi yang dapat timbul pada penderita Hemofilia diantaranya:

1. Kerusakan sendi akibat perdarahan sendi berulang dan/atau pengobatan tidak tepat, yang dapat menyebabkan kecacatan.

2. Komplikasi akibat perdarahan yang tidak dapat diatasi : anemia berat, gagal sirkulasi (syok) kematian.

3. Komplikasi  transfusi komponen darah dan/atau konsentrat faktor pembekuan yang berasal dari plasma : reaksi transfusi ringan sampai berat, reaksi alergi. Komplikasi penularan infeksi virus tertentu (hepatitis B, hepatitis C, HIV, parvo virus ) saat ini semakin jarang seiring dengan semakin baiknya proses skrining infeksi virus tersebut dalam pembuatan komponen darah kriopresipitat/fresh frozen plasma dan konsentrat factor pembekuan.

4. Hematuria (air kencing berwarna merah), bila gumpalan darah terjadi di saluran kemih dapat menyebabkan nyeri kolik ringan sampai berat karena urin tidak dapat mengalir keluar dengan lancer (obstruksi).

4. Perdarahan saluran pencernaan, kelainan yang timbul dapat berupa adanya darah pada feses dan muntah. Kehilangan darah secara kronis akibat ini dapat menyebabkan anemia pada pasien.

5. Perdarahan intrakranial atau perdarahan otak; gejala sakit kepala, muntah tanpa sebab yang jelas, kejang, penurunan kesadaran.

6. Sindrom kompartemen, terjadi pada perdarahan otot yang luas sehingga menyebabkan tekanan dan kerusakan pada jaringan saraf dan pembuluh darah di sekitar otot tersebut, dengan gejala berupa kesemutan, rasa baal dan kelumpuhan.